پیش بینی ساختار دوم آر ان ای (RNA) یکی از حوزه های مهم بیوانفورماتیک می باشد و روش های مختلفی برای آسانتر کردن تعیین ساختار RNA ارائه شده است. RNA یک نوکلئیک اسید می باشد که در ساختار سلول موجودات زنده نقش های مهمی بر عهده دارد. دانستن ساختار RNA نقش بسیار تعیین کننده ای در فهمیدن کارکرد یک رشته RNA دارد. تعیین ساختار دوم رشته RNA بوسیله روشهای مختلف کامپیوتری به طور متوسط سریع تر و ارزان تر از روش های آزمایشگاهی است. این پایان نامه بر آن است الگوریتم SetPSO را که یک الگوریتم بهینه سازی بر پایه کار با مجموعه هاست و از رویکرد مینیمم سازی سطح انرژی استفاده می کند, برای پیش بینی ساختار دوم مولکول RNA معرفی کند.
فهرست :
فصل اول : مختصری راجع به مولکول RNA
ساختار شیمیایی نوکلئیک اسیدها
ریبو نوکلئیک اسید یا RNA
پروتئین سازی, مهمترین وظیفه RNA
رونویسی
ترجمه
ساختار اول RNA
ساختار دوم RNA
مولفه های ساختار دوم RNA
نحوه نمایش ساختار دوم RNA
ساختار سوم RNA
مشخص کردن ساختار طبیعی مولکول RNA
رویکرد مقایسه ای
رویکرد مینیمم سازی سطح انرژی
رویکرد گرامرهای مستقل از متن
قوانین ترمودینامیکی و مدل های مختلف ترمودینامیکی
فصل دوم : الگوریتم SetPSO
الگوریتم PSO
SetPSO
فضای مساله و موقعیت ذرات
عملگر جمع
عملگر تفریق
عملگر فاصله
الگوریتم SetPSO
مقدار دهی اولیه به ذرات
تغییر سرعت ذرات
به روز رسانی وضعیت ذرات
پارامترهای الگوریتم SetPSO
Closing probability
Random add probability
ضریب بی نظمی
میزان تنوع
فصل سوم : پیش بینی ساختار دوم SetPSO با استفاده از الگوریتم RNA
نمایش ذرات
پیدا کردن استم های ممکن در یک رشته و تشکیل مجموعه فراگیر U
مقدار دهی اولیه به ذرات
روند اجرای الگوریتم در یک نگاه
پیچیدگی محاسباتی
نتایج به دست آمده
واژه نامه
منابع و مراجع
دانلود پایان نامه پیش بینی ساختار دوم RNA با استفاده از الگوریتم SetPSO (تعداد صفحات )